然而，刘秀的欣喜并没有持续多久，各地反叛的消息又再次搅得朝中一片沸腾，令刘秀重新陷入忧虑之中。

堵乡（河南方城县）人董？，在宛城发动兵变。他俘虏了刘秀任命的南阳太守刘驎等官员，据守宛城，对抗刘秀朝廷。

得知自己的后院起火的消息，刘秀丝毫不敢懈怠。他马上紧急派遣扬化将军坚镡，进行攻击，力图尽快地收回宛城。宛城虽然最终如愿被攻克，重新回到了朝廷手里，但叛贼董？率领自己的主力部队，却逃回了堵乡（河南方城县），继续与朝廷对峙。

不久，更多的反叛消息也相继传到朝廷，更加令刘秀如坐针毡，寝食难安。

起初，大司马吴汉，也军纪不振，招致了百姓的怨恨与对立。大司马吴汉率领的大军在夺取南阳的土地时，所经过的郡县人民，都遭受了汉军的空前的浩劫和蹂躏。

而刘秀因为自己的大军军需不易凑集，也放任自己的将士们依靠劫掠来维持大军的生存。刘秀对大司马吴汉的暴行置若罔闻，致使事态更加地恶化。

破虏将军邓奉，本是邓晨的亲侄儿。少时文武出众，与邓禹并称邓氏双壁。

起初，邓晨娶了刘秀的二姐刘元。刘縯和刘秀兄弟率舂陵兵联合绿林兵进攻棘阳（新野东北）时，邓奉随叔父邓晨率族人门客起兵投奔刘縯和刘秀兄弟。后在昆阳之战中，邓奉随刘秀击败王莽军队，并手刃令人闻风丧胆的身高一丈的新军垒尉巨无霸。

邓奉英勇善战，体恤士卒，爱惜庶民。刘秀在鄗县(今河北柏乡县北)称帝后，邓奉累功升为破奴将军。南阳收复后，他请假回自己的故乡新野去省亲扫墓。他亲眼看见大司马大军的暴行，心中十分地愤怒。

于是，他上书朝廷屡次控告大司马吴汉的暴行，朝廷却对吴汉的暴行不闻不问。

邓奉对自己乡里的百姓遭受到大司马吴汉军队的屠戮和痛苦，深深同情。

于是，在暴怒之下，邓奉就率领自己所属的宗族大军，结合乡民队伍，对大司马吴汉的军队进行攻击。吴汉猝不及防，于是邓奉大破吴汉大军。邓奉尽获吴汉辎重，屯据淯阳（新野以北）。

邓奉眼见自己的大错已经铸成，也已无可挽回。

于是，为了自保，他就与其他反叛的队伍，如周边延岑的汉中流民军、董？的南阳流民军、更始朝廷的残部、楚黎王秦丰大军联合，共同对抗朝廷大军。

听见破虏将军邓奉被逼反叛的消息，刘秀很是着急和生气。邓奉是妻子丽华一家的恩人。刘秀没有想到局势会如此变化。他对大司马吴汉的暴虐愤恨不已。

刘秀急火攻心，赶忙任命廷尉岑彭，担任征南大将军，任命王常担任汉忠将军，命令两人一道，率领建义大将军朱祐，贾复、耿弇等七位将领，数路大军立即攻击邓奉和董？。邓奉与在堵乡（今河南方城县东六里）的董？互为犄角，手下又兵精粮足。

汉军大军出师不利，两军刚一交战，汉军就失利，岑彭等久攻不下。贾复被邓奉击伤，就连建义大将军朱祐也被邓奉俘虏。

闻此败讯，刘秀为自己放任将领残害百姓，以致引起邓奉反叛的行为，更加地后悔。

那时，陕西的变民集团首领苏况，也攻破了弘农郡（河南灵宝县），大军向东逼近洛阳，让刘秀更加地着急。