利用1949年至1950年初中美之间尚未断绝的通航时期，赵忠尧在一家轮船公司办理了托运手续，想把那批花了几年心血定制的加速器部件及实验器材运回国内。赵忠尧并不知道，美国联邦调查局其实早已盯上了他，他们找到船上，打开他的三十多个木箱仔细查验，又去加州理工学院反复盘问。多亏几位教授作证，核实他本人和这些器材并非敏感战略物资，才算是放了一马。

但是，太平洋的风浪其实最不太平，赵忠尧的回国旅途真可谓一波三折。1950年8月29日，他和钱学森夫­妇­等一起登上美国威尔逊总统号轮船，同船的还有傅鹰、邓稼先、涂光炽、庄逢甘等近百名留美学者。正要启航时，美国联邦调查局特工突然上船搜查。钱学森八百多公斤的书籍和笔记本被扣下来，钱学森本人也被说成是毛的间谍被关到特米那岛上——在那里，看守人员夜晚每隔十分钟就开一次电灯，使钱学森无法休息。赵忠尧也受到了盘查，几十箱东西全被打开。幸好他早在一个月前就已将其中的重要资料和器材托人带回中国了，其余的零部件他又拆散了，随意装箱，也查不出什么来。船放行后，在海上颠簸数日，眼看就要到达祖国了，但谁也没想到，船经日本横滨时，他同另外两名中国学者沈善炯和罗时钧突然遭到了驻日美军的扣留。

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罗时钧说，9月12日早晨，船上广播要求我们调整床位。带上行李到了指定房间后，美国中央情报局的官员拿着名单警告说，你们看这船上有一百多个中国人，有哈佛的，麻省理工的，为什么偏偏找加州理工的？钱学森，你们都知道的吧。接着就强迫我们到厕所脱了衣服，把我们随身行李中的实验记录等重要东西全部扣留。美国人还威胁我们说，要么回美国去，或者去台湾，要么就在日本坐牢。我们没有选择前两个，就被关进东京下野曾经囚禁日本战犯的巢鸭监狱，剃成光头，身上洒上六六六粉，还都一一编了号，吃了不少苦头。

巢鸭监狱有一个叫做中国犯人部的地方，这里关的都是中国人。牢房共11层，中间空着，便于监视。赵忠尧和沈善炯分别被关押在第二层，罗时钧则关在他们对面。他们在监狱里经过时曾看到了日本战犯，冲着他们喊支那、支那。三个中国人心里非常愤恨，因为这些二战战犯都已经被判了刑，但人家可以打球娱乐，他们却不行。

金荫昌说，我和唐冀雪带着我们6岁多的儿子也一道回国。船到日本横滨时是一个早晨，没靠码头，但停在离岸不远的地方。当时我们刚醒来，听见人声嘈杂，说是赵忠尧、沈善炯和罗时钧被美国联邦调查局随船追踪的人带到船下一个小艇，不知驶向哪里去了。

赵忠尧和沈善炯、罗时钧被关起来后，起初也不审问，每天早晨只给他们指定一个地方，可以出来走走，三个人也可以谈话。平时下午也有放风的时间，三个人就在这些时间里考虑对策。后来他们慢慢知道了，中国人民志愿军已经进入朝鲜，中国这时和以美国为首的联合国军成了敌人。以后在关押赵忠尧的屋子里，还关了一个小偷进去。赵忠尧以前学过英文、德文和法文，和这个小偷关在一起后，他又学了日文。屋子里两边有个木板，一条破毯子，中间放个马桶，每天送饭，完全按犯人的待遇。赵忠尧抗议说为什么关我们？美军说是华盛顿决定的，我们无权处理。有一天把他们三个人关到一间空屋子，让他们面对墙站着，赵忠尧听见宪兵在后面拉枪栓，心想这回悬了，要命了。

这期间，台湾的国民党派人来看他们，叫台湾驻东京使团，团长是何世澧，秘书长为陈延炯。陈延炯找他们谈，向他们提出两条路，一条路是回美国，继续做他们的科学研究工作，另一条路是回台湾，那里一定会给他们最好的待遇，让他们选择。台湾大学校长傅斯年也发来电报，聘他们三人为台湾大学教授，要他们考虑。因为赵忠尧他们都是蒋介石政府出钱派出去的，自然也不希望他们落到共产党手里。

第一次会见时，他们三个人都在一起，到后来才分别谈话。赵忠尧表示，我们回去只是教教书，别的没什么。

赵忠尧在日本被美军扣押的消息，没多久便传回了国内，家里上上下下自是十分着急。他的女儿赵维志刚刚高中毕业，几乎就在赵忠尧被关的同时考取了南京大学，在俄语系学习。赵维志说，年初的时候我父亲就说要回来了，老是写信给我妈，说移民局刁难他，这不行那不行，反正总是阻拦他。8月份拍了个电报，说上了威尔逊号海轮回来，大概9月份到上海。可过些日子船到上海以后，一百多个留学生都下来了，却少了三个人，一个是我父亲，一个姓沈，一个姓罗。周恩来代表外交部提出抗议，吴有训联合198名科学家提出抗议，还有人民团体和各界科技人员纷纷提出抗议。我给我爸爸写信：亲爱的爸爸，你回来吧，妈妈等你回来，弟弟妹妹等你回来，全国人民等你回来。没想到，爸爸在日本被关期间，所有的信件都被一封封地检查，看到我的信就发现了问题，说：你女儿写的信，我们麦帅（麦克阿瑟）看了非常生气。因为我在信中骂了美帝。

栾中新说，我当时在中国科学院办公厅做秘书，赵忠尧到日本时被驻日美军扣押了，国内的人都很着急。郭沫若亲自写信给世界和平大会主席约里奥-居里，向美国提出抗议，希望全世界科学家支持赵忠尧及时回国。因为赵忠尧被扣押，和家里的经济关系也断绝了。郭老知道这事以后，找人核定了一下假如赵忠尧回国以后应该给他定什么级别的工资，这样定了以后就把工资的一部分提早给了他的家属，帮助解决生活困难。

9月24日，从海外归来不久的中国科学院副院长李四光致电美国总统，提出严正抗议。9月30日，《人民日报》发表了科学家和大学教授的联名抗议书。

在世界舆论包括美国国内科学界的质疑和抗议声中，赵忠尧他们被扣押58天之后，回到了祖国。回家以后，赵忠尧对妻子说，我再也不穿西装了。他找出以前常穿的那个大褂，然后到原来中央研究院门口照了一张全家福。

除了一台电子加速器，赵忠尧还带回来很多金属材料、塑料、釉质、电子学零件、有机材料等等当时国内都还没有的33箱东西。他还带回来一套进行宇宙线研究的多板云雾室，这是他在美国利用人家的多板云雾室仿制的一个，后来交给了王淦昌。

李政道说，赵忠尧先生1929年在加州理工学院就发现了正电子，后来同在加州理工学院做研究的安德逊因为观测宇宙­射­线中的正电子而获得了诺贝尔奖，其实赵忠尧本该在20世纪30年代初就成为第一个获诺贝尔物理学奖的中国人。

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