酶提取液中常含有杂蛋白、多糖、脂类及核酸等杂质，可用下述方法去除：

调PH和加热法：利用蛋白质对酸、碱和热变­性­方面­性­质的差异，可去除非活­性­杂蛋白。如制备脂肪酶时，在pH 3、4时以400C温度加热150 min，淀粉酶活力可丧失90%而被除去，而脂肪酶活力仍保持80％以上。

蛋白质表面变­性­法：蛋白质表面变­性­后其­性­质有所不同，借以去除杂蛋白。如制备过氧化氢酶时，加入氯仿和乙醇进行振荡可以将杂蛋白变­性­而去除。。

蛋白质沉淀剂法：利用醋酸铝、利凡诺、单宁酸、离子型表 面活­性­剂等蛋白质沉淀剂可以去除杂蛋白及粘多糖类杂质。使用时要注意这类试剂常可引起酶变­性­失活，因此应迅速除去。

选择­性­变­性­法：各种蛋白质对变­性­剂的稳定­性­不同，可以用选择­性­变­性­剂去除杂蛋白。如细胞­色­素丙对三氯醋酸较稳定，所以在制备时可用2．5%三氯醋酸使其他杂蛋白变­性­使 沉淀除去。。

加保护剂热变­性­法：酶与底物或竞争­性­抑制剂结合后，其稳定­性­常显著增加。所以常用它们为保护剂，再用一些剧烈手段破坏杂蛋白，如用D-甲基苯甲酸为D-氨基酸氧化酶的保护剂，经加热除去杂蛋白，使该酶得到很好的提纯。

核酸沉淀剂法：酶液中的核酸类杂质，可以用氯化锰、鱼­精­蛋白硫酸盐等沉淀剂使其沉淀而除去。必要时，也可用核糖核酶将核酸降解后除去。

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