1569年秋天，海瑞在任南直隶巡抚8个月后，遭弹劾被迫退休，那一刻，他的心情一定也象苏州的天气，有些雾蒙蒙的。他无法理解，自己尽职尽责服务的朝廷到底出了什么问题，自己8个月的呕心沥血竟然获得这样的结局。

很多中国人都习惯把海瑞和包拯相提并论，而且称之为“清官”，的确，相对一些官员的*和贪婪，他们有着耿直和清廉的一面。但倘若简单地按照儒家的“小人”和“君子”二元划分法，未便武断，而且会混淆历史的真实。

海瑞最为后人熟知和称道的，是他的敢于抗颜直书。在皇帝时代，这是要冒着杀头甚至株连九族的风险的，看看历史，几乎都是楞得不讲道理的人才敢和皇帝玩这种拿脑袋撞球门的游戏，况且，在明代，这样做似乎更没有道理，因为明朝是个昏聩而平庸的统治，以海瑞的学识，是应该能看出这一点的。所谓良禽择木而栖，抗颜犯上，一定要选择明君，否则，就是比­干­之类的愚忠了。

1565年，仅有六品官阶的海瑞向嘉靖皇帝上了一份奏疏，许多后来的史家大都把注意力集中在海瑞对皇帝的指责上，这使“海瑞骂皇帝”的传说得以盛传。的确，海瑞直率地说嘉靖残忍、虚荣、多疑和愚蠢，最不可饶恕的一句话是：“天下不直陛下久也”。说这句话，是需要很大的勇气的，但也是诸位大臣心中最想说而不敢说的话。

海瑞写这份奏折的初衷和终极目的并不是指责皇帝，而是要用猛言促使皇帝振作，所以，他有些心痛却语重心长地劝嘉靖同学到了改变自己躲在后宫不理朝政、终日求仙祈寿行为的时候了，你们老朱家的大明江山不能再乱下去了，而且要由乱入治并不难，只要你小朱“一振作间而已”。

海瑞敢这样的奏折，应该说满朝官员都是读之欢欣鼓舞的（当然，心怀叵测者例外），但都只能在心里拍案叫好，面子上，还得作出对海瑞愤慨和不齿的样子给皇帝看。

海瑞绝对不是发了“猪头疯”才拿命开玩笑的。相反，他是极具识人的政治眼光的，他非常了解嘉靖的烦恼所在和心思。甚至，他算准了嘉靖不会砍他的脑袋。所以，他因上书被关押在牢中的第10个月，忽然有一天被好酒好菜地招待，他开始以为是杀头前的上路饭，当得知是嘉靖驾崩、狱中人以为海瑞会被提升而提前感情投资时，一向很男人的海瑞竟然放声大哭。

和他的前辈和后辈比起来，嘉靖还不算太混蛋。尽管他没有摆脱明代皇帝不喜上朝的通病，而且还曾信用了严嵩这样的马屁高手。他是想过中兴的，也曾做过一些努力，但痼疾沉疴太重，他最终不得不无奈地放下。

所以，当嘉靖看到海瑞的上书时，开始也是气急败坏，喝令把海瑞抓起来。但他终于还是没有，在怒气稍微平息后，又把奏疏再读了几遍。显然，海瑞的建议说中了他的心事，可惜的是，此时的嘉靖已经年迈，万事俱颓了，也许他只能在心里感叹这样的逆耳忠言来得太迟了。最终，或许是为了防止舆论的不利，才把海瑞关到监狱，以“儿子诅咒老子”的诽谤罪处以绞刑而不杀。

其实，不仅对皇帝，即使对前后几位首辅严嵩、徐阶、张居正，以及安徽籍总督胡宗宪，他一样敢捋他们的虎须。给皇帝上书之前，七品县官海瑞就曾把负责防御倭寇重任的总督胡宗宪的儿子抓起来交给他老子。徐阶是救过海瑞命的，海瑞后来照样动他的田产，还弄的老徐打落牙齿往肚里咽。

这样的海瑞，在任何朝代，都会被视作忠臣和清官的，而且，任何政权都必须要有这样的官员来辅佐，哪怕仅仅是点缀以示此政权尚未*透顶，换句话说，他应当是是官员的楷模而被加以膜拜。所以，他很快从六品升至四品。